แม้ว่าคริสตชนทุกคนจะเป็นหนึ่งเดียวกันในความเชื่อเรื่องการไถ่บาปของพระเยซู แต่ประวัติศาสตร์ สังคม และวัฒนธรรมของมนุษย์ก็ทำให้คริสตชนมีความเชื่อปลีกย่อยอื่น ๆ พิธีกรรม และการจัดระบบองค์กรคริสตจักรไว้แตกต่างกัน ในปัจจุบันคริสตจักรจึงถูกแบ่งเป็นนิกายย่อยต่าง ๆ มากมาย โดยมีคริสตจักรสำคัญอยู่ 3 คริสตจักร คือ โรมันคาทอลิก โปรเตสแตนต์ และออร์ทอดอกซ์ เฉพาะนิกายโปรเตสแตนต์ก็ประกอบด้วยหลายคริสตจักรย่อย เช่น ลูเทอแรน เพรสไบทีเรียน แองกลิคัน แบปทิสต์ เซเวนต์เดย์แอดเวนทิสต์ เป็นต้น